Le secrétariat général et appui aux EPL est placé directement sous l'autorité de Bernard Leca, secrétaire général de la société.
Il assiste les collectivités, les établissements qui en émanent et les services opérationnels de la société dans le montage d'opérations, la simulation de business plans et le conseil en gestion administrative et financière.
Il veille à la cohérence des opérations et gère leur comptabilité et leur fiscalité, assurant un rôle de prévention des risques et de sécurisation des opérations.
Il assure également des missions d'assistance administrative et financière auprès d'autres SEM qui ne disposent pas des moyens propres à cet égard.