Territoires 38 assure fréquemment la programmation des opérations dont la maîtrise d'ouvrage lui est confiée, mais peut prendre en charge la seule mission de programmation, notamment lorsque la collectivité souhaite réaliser elle-même un équipement.
Ce métier, véritable lien entre la volonté de la collectivité et la maîtrise d'œuvre, est encadré par la loi "MOP". Il fait l'objet d'appels d'offres auxquels Territoires 38 répond comme les cabinets privés et s'associe les compétences d'un coordinateur HQE lorsque des exigences environnementales doivent être prises en compte.
La programmation peut aller jusqu'à l'analyse du concours d'architecture (ou au stade de l'esquisse en cas de sélection sur références) mais surtout jusqu'à l'avant-projet, pour une meilleure cohérence entre le programme et le résultat final.